Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, παρότι οι κατακτητές έλεγχαν και κατέστειλαν το εμπόριο, τη ναυτιλία και τις τέχνες των Ελλήνων και στα δύο πρώτα υπήρχε άνισος ανταγωνισμός των άλλων ναυτικών δυνάμεων που είχαν επικρατήσει στη Μεσόγειο, οι Έλληνες δεν εγκατέλειψαν τη ναυτιλία και τη ναυπηγική. Σύμφωνα με μαρτυρίες, κατά τη διάρκεια του 16^ου και 17^ου αι. υπήρχε στο Αιγαίο σχετική τοπική ναυπηγική δραστηριότητα. Στο χρονικό του Γαλαξιδίου, γραμμένο κατά τη χρονική περίοδο 1497-1517, αναφέρεται κάποια ναυπηγική δραστηριότητα στο Γαλαξίδι. Κατά τη διάρκεια του 16ου αι. υπάρχουν μαρτυρίες για ανάλογη δραστηριότητα στην Καβάλα, την Πάτμο, τη Ζάκυνθο, τη Λίνδο και τον 17^ο αι. για τα Σφακιά και τη Σύμη.
Οι περιηγητές Spon και Weller (1675-1678) αναφέρουν ότι «εις Μεσολόγγι, Αιτωλικό και Λευκάδα μεταχειρίζονται μονόξυλα, κατασκευασμένα από κορμούς δέντρων κοιλωθέντων, μήκους 5-20 ποδών, πλάτους δε και βάθους 2,5 ποδών». Το 1657 ναυπηγήθηκε στην Ύδρα το πρώτο πλοίο του νησιού. Από τον 16^ο -18^ο αι. στο Αιγαίο, εκτός από τα ιδιωτικά ναυπηγεία, υπήρχε κι ένας ικανός αριθμός δημόσιων Οθωμανικών στο Αδραμύττιο Λέσβου, στη Λήμνο, στην Αλικαρνασσό, στη Ρόδο, στην Αττάλεια, στη Θάσο και στην Αλάνια. Στα χρόνια δε της ενετικής κατοχής υπήρχαν στη Μεθώνη, την Κορώνη, τη Χαλκίδα, τα Χανιά και το Ηράκλειο.
Παράλληλα, οι Τούρκοι, κατά διαστήματα, ανάγκαζαν Έλληνες των νησιών του Αιγαίου να εργάζονται ως ναυπηγοί ή απλοί τεχνίτες στα ναυπηγεία τους. ‘Έλληνες εργάζονταν και στα βενετσιάνικα ναυπηγεία ή ναύσταθμους. Ακόμα, οι Έλληνες δεν έπαψαν να ναυτίλλονται αρχικά σε πλοία κρατών της Δύσης και αργότερα στα δικά τους κάτω από ξένες σημαίες. Έτσι επέτυχαν να κρατήσουν άσβεστη τη ναυτική παράδοση του Γένους και να τη μεταλαμπαδεύσουν από γενιά σε γενιά (Δαμιανίδης, 1998).
Τον 18ο αι. στο χώρο του Αιγαίου και της Μεσογείου σημειώθηκαν οικονομικές και πολιτικές αλλαγές, από τις οποίες επωφελήθηκε ο ελληνικός πληθυσμός και ανέπτυξε τη ναυτιλία και τη ναυπηγική. Άλλωστε, είναι γνωστή η δράση των ελληνικών εμπορικών πλοίων στον αγώνα της ανεξαρτησίας, που μετατράπηκαν σε πολεμικά και, με τη συμβολή τους σε όλα τα μέτωπα, συνετέλεσαν στην απελευθέρωση του έθνους (Μακρής, 1984β).
Από τον 17ο αιώνα Κεφαλλονίτες ναυτικοί ταξιδεύουν σε λιμάνια της δυτικής και ανατολικής Μεσογείου, οι οποίοι από τα μέσα του 18ου έως τον 20ό αιώνα, μαζί με ναυτικούς από την Ιθάκη, το Μεσολόγγι και το Αιτωλικό, αποτελούν τους πρωταγωνιστές της Ελληνικής ναυτιλίας (Χαρλαύτη, Χαριτάτος & Μπενέκη, 2002). Ιδιαίτερα κατά την περίοδο της Βρετανικής προστασίας (1815 - 1864) η ποντοπόρος εμπορική ναυτιλία του Ιονίου Κράτους καθίσταται ανταγωνιστική στην περιοχή της Μεσογείου (Καπετανάκης, 2010).